Informe se hizo público mientras la presidenta de la CCSS comparecía en una comisión legislativa.
La Contraloría General de la República (CGR) giró una orden directa a la Caja Costarricense de Seguro Social (CCSS) para que recupere la estabilidad operativa y funcional de la institución, tras determinar que la implementación del nuevo sistema informático de recursos empresariales (ERP) derivó en una crisis institucional activa que compromete la prestación de servicios de salud, el pago a proveedores y la sostenibilidad financiera del seguro social.
Según el oficio DFOE-BIS-0647-2025, emitido este 11 de noviembre, la Contraloría concluyó que la administración ejecutó la salida en vivo del sistema el 2 de junio de 2025 sin cumplir con las condiciones técnicas y operativas mínimas, pese a múltiples advertencias internas de riesgo. El documento señala que la decisión fue adoptada por la Presidencia Ejecutiva y la Dirección del Plan de Innovación, desoyendo los criterios de las gerencias técnicas, la Auditoría Interna y la firma asesora externa, que habían recomendado posponer el lanzamiento por considerarlo prematuro y riesgoso para la continuidad institucional.
La implementación forzada del ERP implicó un debilitamiento crítico de la gobernanza y del control institucional, con efectos que trascienden lo tecnológico y comprometen los mecanismos de dirección, supervisión y rendición de cuentas".
El informe se hizo público mientras la presidenta ejecutiva de la CCSS, Mónica Taylor Hernández se encontraba en audiencia en la Comisión Especial de la Asamblea Legislativa que investiga las situaciones que se han presentado en la Seguridad Social. Cuando la diputada presidenta del foro, Andrea Álvarez Marín dio a conocer que había salido dicho informe, Taylor pidió que se lo hicieran llegar pues no lo conocía.
El sistema ERP fue concebido como parte del Plan de Innovación Institucional aprobado por la Caja desde 2014, con el objetivo de integrar procesos financieros, logísticos y administrativos, modernizar la gestión y fortalecer la transparencia. Sin embargo, la Contraloría advirtió que el proyecto se transformó en un factor de desestabilización.
La salida en vivo del sistema el pasado junio provocó un deterioro sistémico en los servicios. Entre las consecuencias verificadas, el órgano contralor enumeró la suspensión de cirugías programadas, atrasos en la entrega de medicamentos, la paralización de los procesos logísticos en el Almacén General de la CCSS y atrasos de semanas en los pagos a proveedores. Además, se reportaron problemas graves de control sobre activos institucionales, conciliaciones bancarias, facturación y ejecución presupuestaria.
El informe detalla que la institución experimentó una pérdida total de trazabilidad en los inventarios de medicamentos y suministros médicos, lo que obligó a volver temporalmente a sistemas obsoletos —como el SIGES y el SIFA— para garantizar el abastecimiento básico. La Gerencia de Logística reconoció la reactivación de esos programas como una medida excepcional, extraordinaria y temporal, aunque la CGR constató que siguen en uso cinco meses después del lanzamiento del ERP.
La interrupción en el desarrollo normal de las operaciones ha trastocado la prestación del servicio a las personas. Los centros médicos han visto afectada la dinámica de registro y entrega de medicamentos a pacientes, así como la suspensión de cirugías, circunstancias que exceden las capacidades locales de resolución".
El diagnóstico reveló que, al cierre de octubre, la Caja acumulaba más de 24.000 facturas sin registrar por ₡31.751 millones y otras 9700 pendientes de pago por ₡35.323 millones. Persisten además inconsistencias contables por ₡17.000 millones en inventarios, ₡498.000 millones en conciliación de activos fijos y ₡92.000 millones sin validar en planilla.
La falta de reportes financieros llevó incluso al Ministerio de Hacienda a advertir a la Caja por incumplir la entrega de los estados financieros del primer semestre del año, lo que afectó la consolidación de las estadísticas fiscales del sector público. La Contraloría alertó que esta situación pone en riesgo la confiabilidad del patrimonio público y la rendición de cuentas del sistema de salud costarricense.
El documento también menciona pérdida de trazabilidad de activos institucionales y la existencia de usuarios con privilegios excesivos en el sistema, algunos con acceso a funciones críticas de presupuesto y contabilidad. Un informe de Auditoría Interna documentó la anulación de más de 1.200 cuentas por pagar por ₡3072 millones sin autorización y rebajos de inventario ejecutados mediante usuarios genéricos, lo que impide determinar responsabilidades individuales.
La CGR atribuyó gran parte de la crisis a la centralización de decisiones en la Presidencia Ejecutiva y en la Dirección del Plan de Innovación, instancias que concentraron funciones técnicas, estratégicas y operativas. Esta estructura —según el ente contralor— desmanteló los espacios de deliberación y control técnico establecidos en el modelo de gobernanza aprobado en 2020 y sustituyó la supervisión colegiada por una estructura jerárquica unidireccional.
El programa ERP perdió su anclaje técnico. Lo que se presentó como una reestructuración organizativa terminó en un mecanismo de captura de la gobernanza, donde las decisiones dejaron de ser compartidas y técnicamente validadas".
La investigación establece que la Junta Directiva conoció las advertencias, pero optó por mantener el lanzamiento del sistema sin tomar medidas preventivas. Posteriormente, la Presidencia Ejecutiva autorizó al equipo del Plan de Innovación a asumir tareas operativas propias de las gerencias financieras y logísticas, como la carga de datos y la gestión de facturas, lo que provocó una pérdida de control interno.
El órgano fiscalizador describe el resultado como la neutralización del sistema de control interno: las advertencias de riesgo se documentaban y se conocían, pero regresaban a las mismas instancias que habían tomado las decisiones, sin generar correcciones.
La Contraloría concluyó que la situación actual no corresponde a una fase de estabilización, como sostiene la administración de la Caja, sino a una crisis institucional que continúa afectando la capacidad operativa de la entidad.
La gravedad del escenario fue reconocida incluso por la firma asesora externa, que en septiembre advirtió que el problema ya trascendió al proyecto informático y afecta la operación general de la CCSS. La empresa calificó la situación como una “crisis institucional” y alertó sobre el impacto directo en la atención a los pacientes.
El informe contralor recoge además la evidencia de hospitales que reportaron la suspensión de cirugías, fallas en los módulos de farmacia, retrasos en la facturación y problemas en la gestión de medicamentos controlados. El Hospital Nacional de Niños llegó a emitir un descargo de responsabilidad administrativa al considerar que los riesgos “exceden la capacidad de resolución local y ponen en riesgo la vida de los pacientes y el bienestar del personal”.
Ante ese panorama, la Contraloría ordenó a la Junta Directiva de la Caja:
- Instruir a las gerencias Financiera y de Logística para que elaboren e implementen un plan de recuperación de operaciones, que incluya la estabilización del ERP.
- Restituir las funciones delegadas al Plan de Innovación a las gerencias competentes.
- Dotar de recursos humanos, técnicos y financieros suficientes para la recuperación institucional.
- Contratar una auditoría externa independiente especializada en sistemas ERP de clase mundial, que evalúe la integridad de los datos, la interoperabilidad de los módulos y la seguridad de los accesos.
- Designar responsables de seguimiento y establecer mecanismos de trazabilidad y control sobre la ejecución del plan.
El órgano contralor fijó el 12 de diciembre de 2025 como fecha límite para que la Caja presente los avances iniciales del plan de recuperación y el 17 de enero de 2026 para reportar resultados verificables. Además, advirtió que el incumplimiento injustificado de las órdenes será considerado falta grave, con posibilidad de suspensión o destitución de los funcionarios responsables.
Los efectos derivados —interrupción de la cadena de abastecimiento, suspensión de cirugías, problemas en pagos y pérdida de trazabilidad— no responden a un periodo de estabilización. Constituyen una crisis institucional activa que continúa afectando la capacidad de la CCSS para garantizar la prestación de sus servicios".
En su conclusión, la CGR recalcó que la implementación del sistema no solo comprometió la operatividad interna, sino que erosionó la confianza ciudadana en la institución encargada de proteger el derecho a la salud de la población.
La falla no es meramente tecnológica, sino estructural: se debilitó la gobernanza, se omitió el control técnico y se desatendieron las advertencias".
