El Gobierno de Costa Rica anunció este jueves que el Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) logró identificar seis secuencias genéticas del coronavirus SARS-CoV-2, causante de la enfermedad COVID-19 que actualmente está en etapa de pandemia.
Este proceso, conocido como "secuenciación del genoma completo", consiste en analizar las muestras de COVID-19 tomadas en el país para identificar el código genético del virus y poder compararlo con las otras secuencias que se han descubierto en el mundo y así, cuando haya una vacuna, poder elegir la que mejor pueda reaccionar contra el coronavirus que circula en el país.
La secuenciación también permite identificar las rutas de transmisión en el país, robustecer las capacidades de análisis para la red nacional de laboratorios, brinda información relevante para el Ministerio de Salud y la Organización Mundial de la Salud, confirma la calidad de los diagnósticos de laboratorio realizados, contribuye a realizar la vigilancia genómica en Costa Rica sin depender del envío de muestras a otros países y establece una plataforma para futuras colaboraciones con otros centros científicos nacionales y de otros países del mundo.
El trabajo de secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 en el país fue realizado por el Centro Nacional de Referencia de Inocuidad Microbiológica de Alimentos (CNRIMA), en colaboración con el Centro Nacional de Referencia de Virología (CNRV) del Inciensa.
Los resultados ya fueron enviados a la plataforma Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAD), que es utilizada de manera global para compartir este tipo de información, logrando con esto poner a disposición de la comunidad científica mundial los datos de Costa Rica.
A la fecha la plataforma GISAD tiene información de 4147 secuencias genéticas del SARS-CoV-2, cuyo código genético está compuesto por más de 30 mil nucleótidos.
Dato D+: Los nucleótidos son las unidades y productos químicos que se unen para formar los ácidos nucleicos, principalmente ARN y ADN. El SARS-CoV-2 es un virus del tipo ARN.
Dos de los genomas obtenidos por el Inciensa se acercan a los obtenidos de muestras analizadas en los Estados Unidos, mientras que los otros cuatro se ubican dentro de los conglomerados constituidos por variaciones del virus encontradas en diferentes partes del mundo como Argentina, Reino Unido, Alemania, Italia y otros países de Europa.
En total, según la información enviada por Costa Rica al GISAD, se identificaron 14 mutaciones en el código genético del coronavirus.
Inciensa afirmó que previamente ya había logrado secuenciar el genoma de varias bacterias, sin embargo, esta es la primera vez que logra hacerlo con un virus. El equipo de trabajo fue liderado por los doctores Francisco Duarte Martínez y Hebleen Brenes.
Las muestras
La primer secuencia genética identificada por Costa Rica fue identificada gracias a la prueba COVID-19 hecha a un hombre en San Rafael de Alajuela el 16 de marzo del 2020. Con ella Costa Rica logró identificar dos mutaciones: una en el nucleótido A2161T7 y una en el aminoácido T19S del coronavirus.
Una segunda muestra tomada ese mismo día a un joven de 18 años residente de Alajuela no arrojó ninguna mutación, sin embargo, se encontró que la secuencia era igual a una ya identificada en América del Norte.
La tercera muestra tomada a un hombre de 39 años en el Hospital San Vicente de Paul el 17 de marzo de 2020 permitió identificar nueve mutaciones en el código genético del SARS-CoV-2: cinco en los nucleótidos A12792T, G12794T, A12796T, G12798A y T22355A; y cuatro en los aminoácidos K4176M, G4177C, G4178D y en el Y265N.
Otra tomada un día después a un hombre de 40 años en el EBAIS Concepción Norte de Cartago permitió identificar dos mutaciones en los nucleótidos T29816A y T29817A del coronavirus.
Con otra muestra tomada a un hombre de 62 años el 20 de marzo del 2020 en el COOPESAIN de Tibás, no se encontraron mutaciones, sin embargo, se encontró que es igual a otra secuencia del coronavirus descubierta en Sudamérica.
Finalmente, gracias a una muestra tomada a una mujer de 25 años el 25 de marzo en el Orotina de Alajuela se encontró una mutación en el nucleótido A18196C del coronavirus.
