La Sala Constitucional de la Corte Suprema de Justicia, conocida popularmente como la Sala IV, resolvió en una dividida votación que el "Protocolo de Nagoya sobre participación justa y equitativa en los beneficios que se deriven de su utilización al Convenio sobre Diversidad Biológica y su anexo", aprobado en primer debate por la Asamblea Legislativa, no tiene vicios de procedimiento.

Por resolución 2023-6154 emitida antier martes 14 de marzo, los magistrados constitucionales resolvieron la consulta legislativa preceptiva (obligatoria) formulada por el Congreso, al tratarse de un protocolo internacional sometido a conocimiento por el Poder Ejecutivo.

Según el por tanto de la resolución, la unanimidad del Tribunal descartó la existencia de vicios de fondo en el contenido del Protocolo, sin embargo, se dividieron en 4 vs. 3 a la hora de analizar los vicios de procedimiento.

Los magistrados Fernando Cruz Castro, Paul Rueda Leal, y el suplente José Roberto Garita Navarro salvaron el voto y declararon que el proyecto de ley era inconstitucional por vicio de procedimiento, al considerar que "la audiencia otorgada a los pueblos indígenas para pronunciarse sobre este no satisface el compromiso y derecho de consulta prevista por el artículo 6 del Convenio N. 169 de la OIT [Organización Internacional del Trabajo]".

El Convenio 169 protege el derecho de los pueblos indígenas a mantener y fortalecer sus culturas, formas de vida e instituciones propias, y el derecho a participar de manera efectiva en las decisiones que les afectan. En su artículo 6, avisa que los gobiernos, cada vez que prevean medidas legislativas o administrativas susceptibles de afectarles la vida, deberán consultar a los pueblos interesados, mediante procedimientos apropiados y en particular a través de sus instituciones representativas.

Precisamente la Coordinadora de Lucha Sur Sur, agrupación de encuentro de organizaciones propias de Pueblos Originarios y organizaciones campesinas, denunció que los pueblos indígenas no habían sido consultados sobre el Protocolo de Nagoya. Diputaciones del Frente Amplio y de Liberación Nacional votaron en contra precisamente bajo esos argumentos.

Sin embargo, la mayoría de la Sala integrada por los magistrados Fernando Castillo Víquez, Anamari Garro Vargas, Luis Luis Fernando Salazar Alvarado y Jorge Araya García, determinaron que no existía vicio de procedimiento alguno, descartando los alegatos respecto a la falta de consulta a los pueblos indígenas.

Una vez la resolución completa llegue a la Asamblea Legislativa, el Plenario podrá someter a votación el Protocolo en segundo debate, para lo cual requerirá 38 votos a favor como mínimo. En el primer debate 41 votaron a favor y 11 lo hicieron en contra.