Las cinco universidades estatales de Costa Rica presentaron una demanda contra el Estado ante el Juzgado Contencioso Administrativo, para zafarse de las disposiciones en materia de empleo público que fueron dispuestas por el Congreso tras la aprobación de la Ley de Fortalecimiento de las Finanzas Públicas. 

Según los centros de enseñanza superior, existe un conflicto por contraposición de normas de diferente jerarquía entre la Ley 9635 y el Decreto Ejecutivo 41564-MIDEPLAN-H, pues este último incorpora a las universidades estatales en el régimen común de salarios de la Administración Pública, aunque según ellos, no fueron inicialmente incorporadas expresamente en el texto de la Ley.

La demanda fue acompañada de una solicitud de medida cautelar, en la cual se pide suspender la aplicación del decreto impugnado a las universidades de forma provisional, mientras se resuelve por el fondo el asunto.

"La acción presentada señala la existencia de un conflicto aparente de normas que debe ser resuelto atendiendo a su rango jerárquico: el régimen de independencia del gobierno universitario garantizado por la Constitución Política prevalece sobre lo que disponga la Ley Nº 9635 y lo que esta dispone sin incluir a las universidades debe prevalecer sobre el Decreto Ejecutivo Nº 41564-MIDEPLAN-H, norma que en consecuencia no puede regular el ámbito universitario", alegaron las universidades.

Según las universidades, sus leyes y estatutos orgánicos, así como normas especiales, prevalecen sobre las leyes generales de empleo público que formule el Parlamento; y que estas poseen su propio régimen y se encuentran "separadas" de las instituciones autónomas que sí están sometidas al plan fiscal.

"Existen normas constitucionales y legales universitarias en la misma materia que regula dicho Decreto, cuya inobservancia sería igualmente injustificada y generaría responsabilidad penal, administrativa y civil de las autoridades universitarias", alegaron los centros de enseñanza.

En la demanda cada universidad expuso el impacto que le ocasionaría la implementación del decreto impugnado y alegó que la medida cautelar no significará ningún perjuicio para el Estado, pues los ahorros pretendidos en las finanzas públicas quedarán dentro del ámbito de la Hacienda Universitaria y no en la del Estado, puesto que este deberá siempre girar el Fondo Especial para la Educación Superior Universitaria Estatal (FEES) en forma íntegra.

Para las universidades la implementación de las disposiciones contenidas en materia de empleo público causaría un perjuicio para su gestión, ya que limitará sus potestades constitucionales de gobierno y eliminará el desarrollo que durante décadas se ha venido implementando para ofrecer condiciones y regulaciones en el régimen de carrera académica de sus funcionarios.

Asimismo, alegaron que implicaría también el traslado y pérdida de competencias constitucionalmente garantizadas para el gobierno universitario hacia el Poder Ejecutivo bajo la dependencia del Ministerio de Planificación Nacional y Política Económica en materia de empleo.